बाबा गणिनाथ का जन्म महनार (अब बिहार के वैशाली जिले में) में गंगा नदी के तट पर रहने वाले मंसाराम के यहाँ हुआ था। किंवदंती के अनुसार, उन्होंने बचपन से ही चमत्कार दिखाना शुरू कर दिया था। उनके चमत्कारों को देखकर लोगों ने शिव की स्तुति की और उनका नाम "गणिनाथ" रखा गया। संवत 1024 में, उन्होंने विक्रमशिला विश्वविद्यालय में दाखिला लिया और तपस्या और योग के साथ आठ सिद्धियों और नौ 'निधियों' में महारत हासिल की। उनका विवाह चंदेल राजा राजा धंग की पुत्री खेमा से हुआ था। गणिनाथ की 5 संतानें क्रमशः रायचंद्र, श्रीधर, गोविंद, सोनमती और शीलमती थीं।..

विक्रम संवत 1060 में राजा बनने के बाद गणिनाथ ने अपने पूर्वज राजाओं द्वारा जीते गए राज्यों को एक कर उनमें स्वशासन और व्यवस्था स्थापित की। प्रेम, सह-अस्तित्व और करुणा के साथ उन्होंने सभी राज्यों को एक राज्य में एकीकृत किया।

समाज को यवनों से मुक्त कराने के लिए उन्होंने एक सेना का गठन किया, जिसका नेतृत्व उनके पुत्र रायचंद्र और श्रीधर ने किया। भीषण युद्ध में यवनों की पराजय हुई। यवनों के नेता सरदार लाल खान बाबा गणिनाथ से प्रभावित होकर उनके शिष्य बन गए और जीवन भर उनकी सेवा की। बाबा गणिनाथ महाराज और माता खेमा ने हाजीपुर के पलवैया धाम (पलवैया धाम सभी हलवाई, कानू और मधेशिया समुदाय के लिए पूजा का केंद्र है) में एक साथ समाधि ली।